A presença da pesquisa na Universidade Bandeirante de São Paulo – UNIBAN tem seu início referido ao período de 1995 a 1998 quando quatro dos seus mais antigos pesquisadores são admitidos. Tratam-se de: Profa. Dra. Célia Aparecida Paulino (1995) Doutora pela Universidade de São Paulo em Patologia Experimental e Comparada (ênfase em Farmacologia); Profa. Dra. Sandra Elisa Favorito (1996) Doutora em Zoologia pela Universidade de São Paulo; Prof. Dr. José Agustín Quincoces Suarez (1997) Doutor em Química Orgânica pela Universidade de Rostock, Alemanha; Profa. Dra. Maria Cristina Marcucci Ribeiro (1997) Doutora em Ciências pela Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP.

Alguns anos depois se iniciava no Campus Maria Cândida a construção dos laboratórios que viriam a abrigar o Núcleo de Pesquisa em Farmácia, que já no ano de 1998 conta com dois importantes projetos que nucleariam os principais eixos da pesquisa na área de saúde: desenvolvimento de compostos bioativios e a caracterização de suas propriedades.

Nesse ano, com financiamento oferecido pela própria UNIBAN, o Prof. José Agustín Quincoces implantou uma linha de trabalho experimental nomeada “Síntese de σ-bromadas bioativas" e “Isolamento e caracterização de princípios ativos do Zyziphus joazeiro Martius”, que começou a mostrar os primeiros frutos em pouco tempo, com a obtenção de patentes e publicações científicas. Na mesma época, a Profa. Maria Cristina Marcucci abrigou na UNIBAN seu projeto de investigação aprovado pela FAPESP na modalidade “Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes”. A proposta, em parceria com a Faculdade de Odontologia da Universidade de Pittsburgh, abordava o Estudo da atividade antimicrobiana da própolis em bactérias cariogênicas presentes na saliva. Três alunos do curso de graduação em Farmácia foram selecionados para fazer estágio científico no laboratório recém instalado dando início às primeiras experiências de Iniciação Científica na Instituição, já que obtiveram bolsas nessa modalidade através do Projeto FAPESP.

Em 2002 já se registravam 9 alunos de Iniciação Científica inseridos nessas pesquisas, e ainda, colaboração científica com FioCruz do Rio de Janeiro, USP/Fundação Pró-Sangue, UNICAMP (IQ e IB) além da requisição de patente nacional e internacional de registro dos produtos. Um dos impactos desses resultados foi a participação da Profa. Dra. Maria Cristina Marcucci na elaboração de Nota Técnica da ANVISA relativa ao uso de produtos à base de própolis.

O desenvolvimento acelerado da pesquisa na UNIBAN fez com que seu nome se projetasse, nacional e internacionalmente, como um centro de excelência para a formação de docentes e pesquisadores.

Hoje, além de abrigar mais de 80 projetos de pesquisa docente em andamento associados a mais de 40 linhas de pesquisa em diversas áreas do conhecimento, a UNIBAN conta com 19 grupos de pesquisa cadastrados junto ao Diretório de Grupos de Pesquisa do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

Além dos laboratórios de pesquisa, a UNIBAN Brasil conta ainda com o escritório sede do IREM Brasil. Criado na França, o IREM – Instituto de Pesquisa no Ensino da Matemática - é um conjunto de institutos que funciona em rede em diversos países, buscando agregar pesquisadores, estudantes e professores de Matemática. O IREM é, ao mesmo tempo, um centro de pesquisa, de formação e de produção de material para apoiar o ensino da Matemática nos diversos níveis.

A UNIBAN mantém também o Programa de Iniciação Científica e Tecnológica que visa proporcionar ao aluno de graduação oportunidade de vivência intensa no ambiente da pesquisa.